APA ITU DOCKING?
Docking adalah suatu teknik dalam kimia komputasional yang digunakan untuk memprediksi interaksi antara dua molekul, biasanya antara molekul obat dan target biologis, seperti protein atau asam nukleat. Salah satu contoh penerapannya adalah dalam desain obat, di mana molekul obat (ligand) diprediksi akan berikatan dengan target biologis seperti protein atau asam nukleat, menggunakan simulasi komputer. Teknik docking biasanya melibatkan perhitungan skor pengikatan antara ligand dan target biologis, serta penentuan orientasi optimal dari ligand terhadap target biologis.
APA FUNGSI DOCKING DALAM DUNIA FARMASI?
Teknik docking memiliki peran penting dalam dunia farmasi, terutama dalam desain obat baru dan peningkatan efektivitas obat yang sudah ada.
- Identifikasi molekul obat kandidat: Teknik docking dapat membantu identifikasi kandidat molekul obat baru dengan melakukan penilaian dan peringkat molekul obat yang berpotensi berikatan dengan target biologis yang diinginkan.
- Peningkatan efektivitas obat: Teknik docking dapat digunakan untuk mengoptimalkan struktur molekul obat yang sudah ada dengan cara memprediksi dan memodifikasi interaksi molekul obat dengan target biologis sehingga meningkatkan efektivitas obat dan mengurangi efek samping yang tidak diinginkan.
- Pemahaman mekanisme aksi obat: Teknik docking dapat memberikan wawasan tentang mekanisme aksi molekul obat pada target biologis tertentu, yang dapat membantu dalam pengembangan obat yang lebih terarah dan efektif.
- Identifikasi target biologis: Teknik docking dapat membantu mengidentifikasi target biologis baru yang dapat dijadikan sasaran molekul obat, dengan memprediksi interaksi antara molekul obat yang diketahui dengan berbagai target biologis.
Dengan demikian, teknik docking dapat mempercepat proses penemuan dan pengembangan obat baru serta meningkatkan efektivitas obat yang sudah ada, sehingga dapat memberikan manfaat yang besar dalam dunia farmasi.
APA SAJA SOFTWARE YANG DIBUTUHKAN UNTUK MELAKUKAN DOCKING?
Beberapa software yang digunakan untuk melakukan docking antara molekul obat dan target biologis meliputi:
- AutoDock: AutoDock adalah salah satu aplikasi docking yang populer dan sering digunakan dalam penelitian farmasi. Aplikasi ini dapat menghitung interaksi antara molekul obat dan target biologis, serta menentukan orientasi dan posisi yang optimal dari molekul obat terhadap target biologis.
- DOCK: DOCK adalah aplikasi docking lain yang digunakan secara luas dalam penelitian farmasi. Aplikasi ini dapat melakukan perhitungan skor pengikatan antara molekul obat dan target biologis, serta menentukan orientasi yang optimal dari molekul obat terhadap target biologis.
- GOLD: GOLD (Genetic Optimization for Ligand Docking) adalah aplikasi docking yang dirancang khusus untuk memprediksi orientasi molekul obat terhadap target biologis dengan menggunakan teknik optimasi genetik.
- Schrödinger Suite: Schrödinger Suite adalah paket perangkat lunak yang mencakup berbagai aplikasi untuk simulasi dan desain molekuler, termasuk aplikasi docking yang kuat seperti Glide dan Maestro.
- PyRx: PyRx adalah aplikasi docking yang sederhana dan mudah digunakan, yang menggunakan AutoDock untuk melakukan perhitungan docking dan memvisualisasikan hasil docking.
Software-software ini memberikan fasilitas dan kemampuan untuk melakukan simulasi docking dalam penelitian farmasi, dan biasanya dapat diintegrasikan dengan alat perangkat lunak lain untuk melakukan analisis lebih lanjut dari hasil docking yang diperoleh.
Sumber:
Docking Screens for Drug Discovery. (2019). Germany: Springer New York.
